数据库生成
- 作者仓库星标 307
- 许可证 NOASSERTION
- 作者更新于 实时读取
- 作者仓库 SnpEff
- 领域
- 工程开发
- 兼容 Agent
-
- Claude Code
- Cursor
- Cline
- Codex
- Windsurf
- Gemini CLI
- +20
- 信任分
- 94 / 100 · 已通过审计
- 作者 / 版本 / 许可
- @pcingola · NOASSERTION
- Token 消耗评级
- 低消耗
- 接入复杂程度
- 即装即用
- 是否需要外部 API Key
- 不需要
- 兼容的系统
- 未声明（默认跨平台）
- 底层运行要求
- 无特殊要求
- 文件与系统权限
-
- 只读
- 允许写入 / 修改
- 网络行为
- 仅限本地
- 安装命令数
- 26 条
档案由构建时根据 SKILL.md 与安装命令自动衍生，可能与作者实际意图存在差异。
需要注意： 未限定 allowed-tools，默认拥有全部工具权限。
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name: snpeff
description: Run SnpEff, a variant annotation and effect prediction tool for genomic variants. Use when the u…
category: 工程开发
runtime: 无特殊运行时
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# snpeff 输出预览
## PART A: 任务判断
- 适用问题：代码实现、重构、调试或代码审查。
- 输入要求：目标材料、限制条件、期望输出和验收方式。
- 证据边界：围绕“Running / Commands / Additional Documentation”读取原文规则，不把推断写成作者承诺。
## PART B: 执行结果
- **01** 任务判断：确认你的需求是否属于代码实现、重构、调试或代码审查，并标出输入、限制和预期结果。
- **02** 执行计划：优先按“Running / Commands / Additional Documentation”拆成步骤，说明每一步会读取什么、修改什么、产出什么。
- **03** 交付结果：给出可复制的命令、文件改动、检查清单或内容草稿，并说明如何继续迭代。
- **04** 风险边界：结合 读取文件、写入/修改文件、主要在本地完成、通常不需要额外 API Key 给出执行前确认项。
## Running Rules
- 读取文件、写入/修改文件；主要在本地完成；通常不需要额外 API Key。
- 先小样例验证，再放大到真实任务。
- 交付时同时给结果、检查口径和下一步迭代建议。原文没有稳定的斜杠命令要求。安装验证后通常全局生效，直接在对话里点名这个 Skill 并描述任务即可。
告诉 Agent 目标文件或材料、期望结果、不可改范围、是否允许联网或执行命令。本 Skill 的权限画像是：读取文件、写入/修改文件。
先用一个小任务确认它会围绕“Running / Commands / Additional Documentation”工作；涉及文件或命令时，先看 diff、日志、预览或测试结果。
检查最终产物是否包含明确结果、必要证据和下一步动作；如果输出泛泛而谈，就补充输入、边界和验收标准后重跑。
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name: snpeff
description: Run SnpEff, a variant annotation and effect prediction tool for genomic variants. Use when the u…
category: 工程开发
source: pcingola/SnpEff
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# snpeff
## 什么时候使用
- 把工程方向的常用动作沉淀成 Agent 可调用的技能 适合处理工程开发场景下的代码实现、调试、重构、测试或代码审查，核心价值是把输入、判断、执行、验证和交付边界固定下来，避免 Agent 泛泛回答。 把任务拆成可执行、可检查、可继续迭代…
- 面向代码实现、重构、调试或代码审查，优先处理能明确输入、步骤和验收标准的工作。
## 需要提供什么
- 目标材料、目录范围、期望结果和不可改动内容。
- 是否允许联网、执行命令、读写文件或调用外部服务。
## 执行规则
- 围绕「Running / Commands / Additional Documentation」组织步骤，不把推断写成作者事实。
- 读取文件、写入/修改文件；主要在本地完成；通常不需要额外 API Key。
- 先跑小样例，确认结果可检查后再扩大任务范围。
## 输出要求
- 给出最终产物、关键证据、验证方式和下一步动作。
- 信息不足时标记 unknown，不编造命令、平台或依赖。作者原文负责流程事实；仓库文件负责来源和命令；流狐只补充适用场景、限制和质量判断。
skill "snpeff" {
输入层 -> 用户目标 + 目标文件 + 禁止范围 + 验收标准
上下文层 -> Running / Commands / Additional Documentation
规则层 -> SKILL.md 触发条件 / 执行顺序 / 输出格式
运行层 -> 无特殊运行时 | 读取文件、写入/修改文件 | 主要在本地完成
安全层 -> 通常不需要额外 API Key + 小任务验证 + diff / 日志复核
输出层 -> 可复制结果 + 检查清单 + 下一步迭代
}SnpEff
SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It analyzes VCF files and predicts the functional effects of genetic variants (such as amino acid changes) on known genes.
Full documentation: https://pcingola.github.io/SnpEff/
Running
Use the wrapper script at .claude/skills/snpeff/snpeff.sh. It handles JVM memory defaults and argument passthrough. The JAR file is expected at $HOME/snpEff/snpEff.jar.
IMPORTANT: SnpEff output is typically very large (thousands to millions of lines). ALWAYS redirect output to a file. NEVER let output print to stdout, as it will fill the context window and make the conversation unusable.
# Correct: redirect to file
.claude/skills/snpeff/snpeff.sh <command> [options] [arguments] > output.vcf 2> snpeff.log
# WRONG: never do this
.claude/skills/snpeff/snpeff.sh <command> [options] [arguments]Commands
| Command | Description | Docs |
|---|---|---|
ann / eff |
Annotate variants (default command) | commandline, running, input/output |
build |
Build a SnpEff database from reference genome files | build_db, build_db_gff_gtf |
buildNextProt |
Build NextProt database from XML files | commands |
cds |
Compare CDS sequences (database check) | commands |
closest |
Annotate closest genomic region | commands |
count |
Count reads/bases overlapping genomic intervals | commands |
databases |
List available databases | commands |
download |
Download a pre-built database | commands |
dump |
Dump database contents (BED/TXT) | commands |
genes2bed |
Create BED file from gene list | commands |
len |
Calculate genomic length per marker type | commands |
pdb |
Build interaction database from PDB/AlphaFold data | build_pdb |
protein |
Compare protein sequences (database check) | commands |
seq |
Translate DNA sequence to protein | commands |
show |
Show gene/transcript text representation | commands |
translocReport |
Create translocation report with SVG | commands |
Additional Documentation
| Topic | File |
|---|---|
| Introduction | introduction |
| Additional annotations | additionalann |
| Building regulation databases | build_reg |
| Cancer samples | cansersamples |
| FAQ | faq |
| Human genomes | human_genomes |
| Integration (GATK, Galaxy) | integration |
| Output summary | outputsummary |
| Troubleshooting | troubleshooting |
| Download & Install | download |
| Examples | examples |
| Help | help |
先判断是否适合
作者设计意图
作者的方法与取舍
边界和复核